Seminario de S_BiologiaSistemas-20221109-01-AaronVazquez

Seminario de Biología de Sistemas


Ciclo de conferencias:

Enfoques contemporáneos de la Biología y la Ciencia de la Complejidad


Organizador responsable: Dr Osbado Resendis-Antonio.

Informes: oresendis@inmegen.gob.mx

Transmisión por el canal de YouTube del C3

Objetivo:

El arribo y desarrollo de las tecnologías de alto rendimiento abren una ventana para explorar la actividad celular, desde su genoma hasta los perfiles de expresión genética, proteica, y metabólica de forma masiva en espacio y tiempo. En principio, la interpretación de estos datos abre una ventana al estudio minucioso de cómo los organismos vivos modulan su respuesta a distintas escalas biológicas. Sin embargo, este objetivo no es del todo fácil. Junto con el avance de estas tecnologías, existe una necesidad imperante en desarrollar nuevos esquemas conceptuales capaces de integrar los datos y generar hipótesis sobre los mecanismos que gobiernan los sistemas vivos. Es en este punto donde confluyen las Ciencias de la Complejidad. La implementación de sus métodos indudablemente contribuye con propuestas para entender problemas en áreas de las Ciencias Biomédicas y con estrategias para el estudio de enfermedades complejas. Así, a la luz de las nuevas tecnologías, en este ciclo de conferencias iniciamos con un espacio de encuentro para difundir y discutir estrategias contemporáneas para develar la lógica de lo viviente. El objetivo es buscar que este espacio sea propicio para colaborar en temas de frontera en las áreas de biología computacional, biofísica, biología de sistemas, bioinformática, e inteligencia artificial. Todas ellas enmarcadas por la colaboración y la interdisciplinariedad, una impronta de la ciencia en este siglo.

Perspectivas de modelado matemático e integración de datos en biología

SESIÓN - 1
Miércoles 09 de noviembre de 2022
Dr. Aarón Vázquez Jiménez
Grupo de Biología de Sistemas y enfermedades humanas
Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN)
Informes: avazquez@inmegen.gob.mx

Descripción

Dentro de la perspectiva de la biología de sistemas es la representación de un sistema biológico por un modelo que permita acotar variables y estudiar el sistema de manera concreta. Al igual que una función que reasigna un valor en un nuevo espacio, este nuevo valor posee intrínsecamente un significado biológico no abstracto en su interpretación. Las herramientas usadas para construir este espacio de análisis dependen directamente de la visión y enfoque que se tenga curiosidad de explorar. Por lo que el abanico de posibilidades es diverso, pasando desde las interacciones estocásticas en donde las interacciones entre moléculas toman parte hasta un proceso continuo derivado de las consideraciones de altas concentraciones o tendencias centrales. Estos mismos enfoques pueden describir interacciones entre genes estableciendo las propiedades emergentes hasta describir grandes vías de señalización que transmiten información bioquímica que determinan el destino celular de acuerdo con el estímulo externo con impactante certidumbre aun cuando sea un medio altamente ruidoso. La nueva tendencia de los modelos es establecer relaciones del sistema basado en datos que den certeza que las interacciones consideradas son observables; dado esto, la biología de sistema ya no es únicamente la interconexión de las partes del modelo, el modelo mismo está acotado por los datos experimentales que reflejan la integración del fenómeno en conjunto. Partiendo de esto, se retomarán diversos métodos de generación de modelos, identificación de fuentes de ruido, herramientas de análisis pasando de dinámica no lineal hasta teoría de información y finalmente su integración con datos derivados de tecnologías de nueva generación. Todo con el fin de lograr representaciones que integran una visión holística del sistema.

Semblanza

ElDr. Aarón Vázquez Jiménez es investigador en el Instituto Nacional de Medicina Genómica, pertenece al grupo de biología de sistemas enfocado a enfermedades humanas. Hizo sus estudios de posgrado en el CINVESTAV en donde desarrolló modelos que describen las propiedades emergentes de circuitos transcripcionales en el paradigma estocásticos; a su vez, tiene interés en la descripción de vías de señalización desde un enfoque de transmisión de información bioquímica para determinar el destino celular. Su trabajo combina modelos físicos, y descriptores matemáticos alimentados de datos ómicos. Actualmente su investigación se centra en el estudio del cáncer con el objeto de determinar los procesos clave en la comunicación celular y en la progresión de la enfermedad.

El oncogén MDM2 regula la síntesis y la degradación de los supresores tumorales p53 y retinoblastoma (RB)

SESIÓN - 2
Miércoles 23 de noviembre de 2022
12:30 horas
Evento virtual trassmisión por el canal de YouTube del C3
Dra. Vanesa Olivares Illana
Instituto de Física
Universidad Autónoma de San Luis Potosí
Informes: vanesa@ifisica.uaslp.mx

Descripción

MDM2 es una ligasa de ubiquitinas que marca a sus proteínas blanco para ser degradadas por el proteasoma. Esta proteína ha sido considerada como un oncogén por su capacidad de degradar al supresor tumoral p53, lo que provoca proliferación celular descontrolada. Hemos observado que, bajo condiciones de estrés, MDM2 cambia su conformación exponiendo una superficie de interacción que reconoce y une al RNA mensajero de p53. Esta nueva interacción promueve la traducción de p53 y la adecuada respuesta celular. Recientemente, también observamos que MDM2 es capaz de regular la progresión del ciclo celular, controlando la traducción de RB, a través de una interacción proteína-RNA. Las interfaces de estas interacciones son potenciales blancos terapéuticos.
Queremos validarlas estudiando el mecanismo mediante el cual, MDM2 pasa de ser una ligasa de ubiquitinas a un factor de traducción para estos dos supresores tumorales.

Semblanza

Realicé mis estudios de Doctorado en el Instituto de Biotecnología de la UNAM campus Cuernavaca donde tuve la oportunidad de trabajar bajo la dirección del Dr. Agustín López Munguía Canales. Posteriormente, tuve la fortuna de realizar una estancia posdoctoral en el laboratorio del Dr. Armando Gómez-Puyou en el Instituto de Fisiología de la UNAM. Realicé una segunda estancia posdoctoral en el Laboratoire d’Enzymologie et Biochimie Structurales campus Gif sur Yvette, Francia, donde me entrené en las técnicas de cristalogénesis y cristalografía de proteínas. Realicé otra estancia posdoctoral en el Hôpital Saint Louis, Paris, Francia en el laboratorio de cibles terapéuticos con el Dr. Robin Fahraeus. En esta estancia posdoctoral trabajé estudiando al supresor de tumores p53 y sus principales reguladores MDM2 y MDMX. A finales de 2011, regresé a México, al Instituto de Física de la UASLP, donde instalé el laboratorio de Interacciones Biomoleculares y Cáncer. En el laboratorio estudiamos la regulación de los supresores p53 y RB en condiciones celulares normales y de estrés, con la intención de validar blancos terapéuticos. Trabajamos también con cáncer de retina, que es un tipo de cáncer infantil, en colaboración con el Hospital Central de SLP. En este proyecto queremos encontrar marcadores de diagnóstico temprano. En 2013 obtuve la Beca para las Mujeres en la Ciencia L´Oreal-UNESCO-AMC, en 2014 el Fondo de Investigación Pfizer en la categoría de Ciencia Básica. En 2017 obtuve la Cátedra Marcos Moshinsky. Soy SNI:2, Nivel 6/6 en la UASLP y cuento con perfil deseable PRODEP.